השירותים להגנת הצומח ולביקורת הם רשות מוסמכת הרשאית להנפיק תעודות בינלאומיות הדרושות במסחר בתוצרת חקלאית, כמו תעודות בריאות, תעודות יצוא לתוצרת אורגנית ותעודות המעידות על איכות של תוצרת חקלאית טרייה. 

​כמו כן, עוסקים השירותים להגנת הצומח ולביקורת בנושאים הבאים:

• ​פתיחת שווקים ליצוא תוצרת ישראלית באמצעות הסכמי הדדיות עם שלטונות הגנת הצומח של מדינות מייבאות.

• מניעת חדירת נגעי צמחים לתחומי מדינת ישראל.

• ניטור ומניעת התפשטות של נגעי צמחים חדשים וקיימים.

• אינטרודוקציות של זנים חדשים בתחנות הסגר צמחים.

• פיקוח ובקרה על מערכי גידול ליצירת חומר ריבוי נקי עבור החקלאות המקומית וליצוא.

• שרות פיקוח וניטור של עשבים רעים, חולייתנים וחלזונות.

• פיקוח על איכות תוצרת חקלאית ועל מתן טיפולים מיוחדים לתוצרת המיועדת ליצוא על פי דרישות מדינות היעד.

• בניית מאגר מידע ויצירת אמצעי המחשה לתקני איכות לתוצרת חקלאית.

• רישום, רישוי ופיקוח על תכשירי הדברה לשימוש חקלאי.

• שרות מאגר מידע לחומרי הדברה המורשים בישראל.

• שרות מעבדות לבדיקת חומרי הדברה ושאריותיהם בתוצרת חקלאית.

• שרות מעבדות איבחון לנגעי צמחים בתחום האנטומולוגיה, פיטופתולוגיה ונמטולוגיה.

• שרות מעבדות לפיקוח על טיב מספוא.

• שרות מעבדות לבדיקת צמחים ומיקרואורגניזמים מהונדסים (GMO).

• שרות הכרה במעבדות חיצוניות.

• שרותי תמיכה מקצועית בנושאי הגנת הצומח.